הפיתרון הנכון לבעית הצורך בעיבוי מסילות הרכבת החוצות את חיפה הוא הקמת מנהרה עבורן, בדומה למנהרת הכרמל לכלי רכב.
ד''ר מיכה רטנר והמהנדס שמואל גלבהרט, שני אדריכלים ומתכנני ערים בעלי ניסיון של שנים רבות והיכרות מצוינת עם חיפה, מציעים כי הרכבת תעבור במנהרה הזאת בקו ישר מתחנת חוף הכרמל עד קריית הממשלה, שבה תוקם תחנת הרכבת חיפה מרכז. כל תושבי חיפה יוכלו להגיע בקלות לתחנה, אשר תמוקם במרחק קילומטר אחד בלבד מהתחנה הקיימת, ובמקום מרכזי הרבה יותר. אין צורך בתחנת בת גלים, הנמצאת בשימוש מועט, ואפשר להגיע אליה במטרונית.
מנהרה זאת מאפשרת הקמת מספר בלתי מוגבל של מסילות לרכבות מהירות ומחושמלות. היא מאפשרת גם העברת מטענים מסוכנים מהנמל, ומכל מקום אחר, לכל רחבי הארץ.
מנהרה זאת תהיה קצרה, באורך 5 קילומטרים בלבד, כמחצית מאורך המנהרה לכלי הרכב. יתרון נוסף שלה הוא שהיא עוברת בדיוק מתחת למרכז הכרמל, מה שיאפשר הקמת תחנת רכבת בגן האם, מקושרת אל המנהרה באמצעות מדרגות נעות לגובה 250 מטרים, ממוקמות בחלקן העליון לאורך תוואי ואדי לוטם.
שתי קצות המנהרה נמצאות בנקודות מפתח בחיפה, שבהן חייבת להימצא תחנת רכבת גדולה. בנוסף לכך, מנקודת היציאה הצפונית מתחילה רשת רחבה מאד של מסילות ברזל לכיוון צפון, ומנקודת היציאה הדרומית גם יש אפשרות לעבות את מספר המסילות דרומה בלי הגבלה, לאורך התוואי הקיים.
פגיעתה של מנהרה זאת בערכי הנוף היא מינימלית. זאת כי גם בתחנות הרכבת המסילות תהיינה עדיין תת-קרקעיות, והטרמינלים בלבד יהיו על פני השטח. במקביל, ביטול התוואי הקיים יאפשר החיאת קו החוף החיפאי בסגנון הטיילת של תל אביב, ובניית יחידות דיור חדשות רבות מאד, על בסיס תוכניות הפינוי-בינוי של שכונות החוף.